自身免疫型强直性脊柱炎是由自身免疫反应引起的，而这种自身免疫反应是由于人体的B27分子结构与入侵的的病原体分子结构存在共同的抗原决定簇。故由此病原体刺激而激活、活化的人体免疫系统，在趋向，包围、吞噬、消灭外来病原体的同时，也误将与入侵病原体存在共同抗原决定簇的人体HLA-B27当成是异体蛋白，当成是入侵病原体，故也向含有HLA-B27的正常人体组织趋近，且将其包围、吞噬、消化而被损伤了。这种由自身免疫、损伤自身组织的过程就叫做自身免疫反应。

　　有学者认为，强直性脊柱炎，在某种意义上说，也可能就是由自身免疫反应引起的自身免疫型疾病。因此临床上常用柳氮磺呲啶、甲氨蝶呤等药物治疗，而且有效，也从侧面支持此自身免疫说。

　　而这种自身免疫反应均可引起组织的急慢性无菌炎症。组织急性炎症时表现为：组织液渗出，细胞浸润、继之破坏、死亡。同时见组织水肿、肿胀，继之造成组织的结构和功能的损伤。急性炎症过后，继之进入组织的慢性炎症期：组织的水肿、肿胀消退，组织进入修复阶段，出现肉芽组织，纤维组织增生，纤维组织的玻璃样变、纤维化、硬化‘钙化、进而出现骨刺、骨赘等现象。这种急慢性炎症的反复交替出现，就可以形成强直性脊柱炎的病理变化。

　　临床疗效证实，单向免疫抑制，造成免疫紊乱，引发一些列并发症，因此临床上当选择免疫调节治疗。